Selama satu tahun pelajaran kadang-kadang terjadi adanya siswa yang mutasi ke sekolah lain karena alasan tertentu. Saat ini jika terjadi ada siswa yang mutasi, maka operator sekolah juga harus segera mengeluarkan siswa tersebut dari aplikasi Dapodik dan melakukan sinkronisasi. Agar siswa yang bersangkutan dapat di mutasikan secara online oleh sekolah yang dituju.